Родился в Варшавской губернии в семье отставного майора пограничной стражи (мать – из польских дворян). Окончил Киевское пехотное юнкерское училище (1892), Николаевскую академию Генерального штаба (1899). Участник Русско-японской и Первой мировой войн. Генерал-лейтенант (1916).

После Февральской революции 1917 г. начальник штаба Верховного главнокомандующего (апрель–май). Командовал войсками Западного фронта (май–июль) и Юго-Западного фронта (август). В августе 1917 г. поддержал выступление генерала Л. Г. Корнилова с целью ликвидации советов и установления военной диктатуры. По распоряжению А. Ф. Керенского снят с должности и арестован.

В ноябре 1917 г. уехал в Новочеркасск, участвовал в организации Добровольческой армии. Входил в Донской гражданский совет. После гибели Л. Г. Корнилова (13 апреля 1918) командующий Добровольческой армией, а после смерти М. В. Алексеева (8 октября 1918) – главнокомандующий. В 1918 г. под его командованием армия заняла Кубань и значительную часть Северо-Кавказской Советской Республики.

С января 1919 г. объединил в своих руках командование Добровольческой и Донской армиями, принял звание Главнокомандующего Вооруженными силами Юга России (ВСЮР). Деникину принадлежала военная и гражданская власть на контролируемых территориях.

В июне 1919 г. признал власть А. В. Колчака, объявившего себя Верховным правителем России и Верховным главнокомандующим. Назначен заместителем Верховного главнокомандующего.

Летом 1919 г. войска ВСЮР одержали ряд побед над Рабоче-крестьянской Красной армией (РККА) на юге (заняли значительную часть Украины и Царицын). 3 июля 1919 г. Деникин выпустил «Московскую директиву» – оперативно-стратегическое целеуказание о наступлении войск ВСЮР на Москву. Осенью 1919 г. контрнаступление     Южного       фронта        РККА    (командующий А. И. Егоров) привело к разгрому основных сил ВСЮР.

В последнем указе 4 января 1920 г. А. В. Колчак высказал намерение передать верховную власть А. И. Деникину. Деникин титул «Верховного главнокомандующего» не принял. В апреле 1920 г. эвакуировал остатки своих войск из Новороссийска в Крым. Передал командование ВСЮР П. Н. Врангелю, отплыл в эмиграцию.

В 1921–1926 гг. написал историко-биографический труд «Очерки русской смуты». В годы Второй мировой войны отказался от предложения сотрудничать с немецкими властями, выступал в поддержку войск антигитлеровской коалиции. В конце 1945 г. уехал в США.   В   1947 г.  скончался  от  сердечного приступа, похоронен в г. Детройте. В октябре 2005 г. останки перезахоронены в некрополе Донского монастыря в Москве.