Родился в крестьянской семье в Гольдингенском уезде Курляндской губернии. С 1891 г. на воинской службе. Окончил Виленское пехотное юнкерское училище (1897), Николаевскую академию Генерального штаба (1909). Участник Первой мировой войны, полковник (1915).

Приветствовал Февральскую революцию. Сторонник предоставления Латвии национальной автономии. После Октябрьского переворота вместе с 5-м латышским Земгальским стрелковым полком, которым командовал, перешел на сторону советской власти. Участвовал в захвате штаба 12-й армии, в ноябре 1917 г. назначен ее командующим.

В декабре 1917 г. начальник оперативного отдела Революционного полевого штаба при Ставке. В январе 1918 г. командовал красными войсками, направленными против 1-го польского корпуса И. Р. Довбор-Мусницкого. С апреля 1918 г. командир Латышской стрелковой дивизии. В июле 1918 г. участвовал в подавлении выступления левых эсеров в Москве.

С июля 1918 г. командующий Восточным фронтом Рабоче-крестьянской Красной  армии  (РККА).  Со 2  сентября 1918  по  9 июля 1919 г. Главнокомандующий всеми Вооруженными Силами Республики. В январе–марте 1919 г. одновременно командующий Армией Советской Латвии.

В июле 1919 г. арестован по обвинению в измене, в августе освобожден. В октябре обвинения против Вацетиса сняли, но в должности он восстановлен не был. С ноября 1919 г. состоял в распоряжении председателя Реввоенсовета Республики Л. Д. Троцкого. С 1921 г. преподавал в Военной академии РККА, профессор (1927). Автор работ по военному делу и истории Гражданской войны. Награжден орденом Красного Знамени (1928). Командарм 2-го ранга (1935).

В 1937 г. арестован, в 1938 г. по обвинению в шпионаже и участии в контрреволюционной террористической организации приговорен к высшей мере наказания, расстрелян. Реабилитирован в 1957 г.