В период эмиграции (1918–1920) в рядах младобухарцев произошло размежевание. Одна группа создала 25 сентября 1918 г. в Ташкенте Бухарскую коммунистическую партию (БКП), целью которой было свержение власти эмира и установление демократической республики на основе Советов. Весной 1919 г. власть в Центральном комитете БКП оказалась в руках младобухарца Усмана Ходжаева, который в 1918 г. примкнул к Партии левых социалистов-революционеров и организовал левоэсеровское крыло младобухарцев. В июне 1919 г. он был исключен из БКП. На III съезде БКП в декабре 1919 г. избран новый ЦК, поставивший цель разложить армию эмира и оказать помощь младохивинцам в создании Хорезмской коммунистической партии (ХКП).

 

Второй группой младобухарцев руководил Файзулла Ходжаев, в 1918 г. бежавший в Россию, работавший в Наркомате иностранных дел РСФСР, встречавшийся с В. И. Лениным и организовавший в Москве отделение младобухарской партии. Вернувшись в Ташкент в 1920 г., он возглавил Туркестанское центральное бюро младобухарцев-революционеров. Бюро обратилось с письмом к В. И. Ленину с просьбой принять партию в РКП(б). Большевики отклонили просьбу, но решили оказывать организации всяческую помощь. 3 августа 1920 г. Туркестанская комиссия ВЦИК и СНК РСФСР санкционировала образование блока Туркестанского центрального бюро младобухарцев-революционеров с БКП на основе признания ими программы РКП(б). Этот союз был закреплен в Чарджуе на IV съезде БКП, где было принято решение о восстании и свержении власти эмира Алим-хана.

 

2 сентября 1920 г. Бухара была взята частями РККА Туркестанского фронта под командованием М. В. Фрунзе при поддержке младобухарцев и БКП. Режим эмира был свергнут. 11 сентября младобухарцы-революционеры влились в БКП. После провозглашения в октябре 1920 г. Бухарской Народной Советской Республики (БНСР) лидеры младобухарцев заняли важные государственные должности. В частности, председателем правительства республики (Совет народных назиров) стал Файзулла Ходжаев. При этом часть младобухарцев со временем перешла в оппозицию к большевикам, выступая за полную независимость БНСР. Так, председатель ЦИК Советов БНСР Усман Ходжаев в качестве чрезвычайного уполномоченного республики в ноябре 1921 г. был направлен в Душанбе для координации действий против басмачей, но примкнул к ним. После неудачной попытки захватить Душанбе в декабре 1921 г. он бежал в Афганистан, а затем в Турцию.

 

В результате национально-государственного размежевания Средней Азии в 1924 г. БКП, ХКП и Коммунистическая партия Туркестана, в которых состояли бывшие представители движения младобухарцев, были распущены, и на их основе созданы Коммунистические партии Узбекистана и Туркменистана.