Первое столкновение басмачей с Красной гвардией произошло в районе Коканда, где в конце ноября 1917 г. была провозглашена Туркестанская (Кокандская) автономия. В ноябре 1917 – феврале 1918 г. основу вооруженных сил автономии составлял военный отряд, который возглавлял курбаши (полевой командир) Иргаш. Красногвардейцы разбили отряд в феврале 1918 г., а сам Иргаш бежал в Китай. Вернулся на территорию Ферганы весной 1918 г. с отрядом до 4 тыс. человек, но снова потерпел поражение в столкновениях с красными.
С этого времени басмачество на территории Ферганы стало развиваться в виде партизанской войны. Летом 1918 г. бывший начальник милиции Старого Маргелана Мадамин-бек (Мухаммад Амин Ахмадбек) провозгласил себя командующим отряда басмачей под названием «Мусульманская белая гвардия». В ноябре 1918 г. он совершил рейд по русским поселениям Ферганской долины, что привело к столкновению с «Народной крестьянской армией» во главе с К. И. Монстровым (образована в конце 1918 г. из числа русских переселенцев для защиты своих земель). Летом 1919 г. Мадамин-бек и Монстров заключили соглашение о совместной борьбе против большевиков. Базой движения стал г. Джалал-Абад, где Мадамин-бек и Монстров заключили союз с представителями А. В. Колчака и лидерами местных повстанческих отрядов. После этого Мадамин-бек и Монстров заняли Узген, в сентябре 1919 г. осаждали Андижан, откуда под натиском Рабоче-крестьянской Красной армии (РККА) отступили в горные районы Ферганы. В октябре 1919 г. в пограничном укреплении Иркештам съезд руководителей басмачей избрал Временное Ферганское правительство во главе с Мадамин-беком, К. И. Монстров стал его заместителем.
Для борьбы с басмачами в августе 1919 г. был образован Туркестанский фронт под командованием М. В. Фрунзе. После восстановления сообщения с РСФСР (сентябрь 1919) войска РККА перешли от обороны на территории Ферганской долины к операциям по уничтожению отрядов басмачей в местах их базирования. В этих условиях Монстров, а затем и Мадамин-бек переметнулись на сторону советской власти. В дальнейшем Мадамин-бек был за это убит другим лидером басмачей Курширматом (Шир Мухаммед-беком).
Численность отрядов Курширмата (которые назывались «Армия ислама») доходила до 6,5 тыс. человек. Они действовали в восточной части Ферганы весной и летом 1920 г. Этот участок стал самым опасным в Средней Азии, сюда направили основные силы Туркестанского фронта. К апрелю 1921 г. отряды Курширмата оказались разгромлены, а сам он бежал в Афганистан. Ферганская долина была окончательно очищена от басмачей к 1924 г.
В районе г. Хива и пустыни Каракумы лидером басмачей являлся бывший правитель Хивы Джунаид-хан. В январе 1918 г. он с отрядом в 1600 человек ворвался в Хиву и фактически захватил власть. В союзе с Закаспийским временным правительством развернул борьбу против Туркестанской Советской Федеративной Республики (ТСФР). После провозглашения Хорезмской Народной Советской Республики (ХНСР) Джунаид-хан бежал в Каракумы, затем в Персию. До 1931 г. неоднократно совершал вооруженные вылазки на территорию СССР.
В Восточной Бухаре басмачи вели активную деятельность с весны 1919 г. Бухарский эмир Алим-хан пытался с их помощью удержаться на троне и развернуть борьбу против ТСФР (с сентября 1920 г. Туркестанская АССР). Основные отряды басмачей здесь возглавлял Ибрагим-бек. В конце 1921 г. у басмачей Восточной Бухары появился новый лидер – турецкий военный и политический деятель Энвер-паша. Он установил связи с Курширматом и Джунаид-ханом, в начале февраля 1922 г. захватил Душанбе и начал наступление на Бухару. Для борьбы с Энвер-пашой 1 апреля 1922 г. в составе Туркестанского фронта был сформирован Басмаческий фронт (Басмфронт, с 15 апреля – Бухарская группа войск). Вскоре основные силы Энвера-паши были разбиты, а сам он 4 августа 1922 г. убит.
В 1923 г. объединенные группы басмачей возглавил турецкий офицер Салим-паша (Ходжа Салим-бей), который вместе с Ибрагим-беком в марте 1923 г. попытался захватить Бухару, но потерпел неудачу. Дальнейшие активные действия против советской власти на территории Восточной Бухары связаны в первую очередь с именем Ибрагим-бека, обращавшегося за финансовой поддержкой к бывшему бухарскому эмиру Алим-хану. В ходе двух операций 1925 и 1926 гг. силы РККА под общим руководством С. М. Будённого разгромили основные басмаческие отряды, а Ибрагим-бек скрылся на территории Афганистана. Оттуда с отрядом в 2–3 тысячи человек он неоднократно совершал вооруженные вылазки на территорию СССР. В 1931 г., во время очередного вторжения, арестован специальным отрядом ОГПУ, осужден и расстрелян.
В дальнейшем басмаческое движение уже не достигало прежних размаха и организованности. Последние группы басмачей ликвидировали к концу 1930-х гг.